Son las ceremonias las que reflejan la cosmogonía del pueblo Karijona. Estas se realizan de forma individual o colectiva y responden al ciclo ecológico de la comunidad. La ceremonia individual es un pasaje de entrada al mundo espiritual o la iniciación a otra etapa de la vida para un Karijona. Uno de los ritos de iniciación femenina, por ejemplo, se da con el encierro de la mujer en una choza, durante el cual solo puede recibir la visita del brujo o chamán y dedicarse al tejido. Con este rito la mujer inicia la vida adulta. Por su parte, los hombres practican el yuruparí como relato de origen, es decir, cuentan la historia y tocan el instrumento lo que determina su ingreso a la adultez. Por tradición, el yuruparí no puede ser visto por las mujeres, ni por los niños o las niñas.

Cuando se realiza una ceremonia colectiva, el baile se convierte en el principal protagonista, a través de él se personifican los espíritus mágicos-religiosos de la cultura y se usan máscaras elaboradas con la corteza de ciertos árboles. Por ser un encuentro colectivo, se requiere de la intervención previa de brujos o chamanes y cantores, los cuales realizan una preparación espiritual. Aunque su objetivo es muy simbólico, estas reuniones ceremoniales tienen un carácter social, político y económico.

Los Karijona recurren al yagé para sanar y limpiar el cuerpo y el espíritu; y lo usan
además en algunos rituales colectivos para trasmitir sabiduría. Así mismo, realizan el Dabucurí, una ceremonia en la que hombres y mujeres intercambian alimentos y productos rituales —como el tabaco y la coca— y fórmulas orales rituales para cuidar sus relaciones tradicionales y dar un buen augurio.

El yagé es una medicina ancestral que comparten varias comunidades indígenas de la región amazónica. Solo puede ser preparado por los sabedores, médicos tradicionales o chamanes, y es la mezcla de un bejuco con otras plantas medicinales.