Según el relato de origen, Tawamarishcpa y Shaimushi se pelearon y este último venció al primero, que, entonces, decidió regresar a su lugar de origen. Remontó el río Amazonas y los Kokama que estaban agradecidos con sus enseñanzas le siguieron, pero se fueron quedando en sitios que les convenían. Al final Tawamarishcpa llegó a la desembocadura y con un grito provocó una enorme tempestad y el viento que lo trajo a este planeta se lo llevó. 
Según los investigadores, los Kokama están relacionados con los ‘omaguas’, pueblos que se formaron por migraciones que llegaron al Amazonas occidental y los ríos Ucayallí y Huallaga, en lo que hoy es Perú, antes del contacto con los europeos. 
Los Kokama transportaron a las misiones católicas a lo largo del Amazonas y el Huallaga y en ellos se apoyaron los misioneros e instituciones para integrar a otras etnias.
En el siglo XVII los Kokama lideraron una rebelión contra las misiones y fueron derrotados. Tras la rebelión padecieron una peste que los diezmó y su servidumbre a los colonos fue más dura. 
Temprano en el siglo XX se introdujo la educación en los poblados peruanos de Kokama y el castellano fue desplazando a la lengua indígena. Marcial Huaniri Silva dice que por el maltrato que había para obligarlos a aprender español hacia 1920 algunos Kokama de Nauta emigraron y fundaron la comunidad de Ronda, cerca de Leticia. En esa época, Ronda era una playa, no una isla, como hoy. La llamaron ronda, porque unos novios dijeron que iban a la playa a buscar huevos, pero luego los pillaron amándose. Rondar es pillar.